Главная / Новости / Опубликована наиболее полная база данных фосфатаз и их субстратов в человеческом теле

Опубликована наиболее полная база данных фосфатаз и их субстратов в человеческом теле

Опубликована наиболее полная база данных фосфатаз и их субстратов в человеческом теле

Благодаря бесплатной онлайн базе данных DEPOD, созданной учеными Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL), теперь стало проще точно определять, на какие именно молекулы в человеческих клетках воздействуют фосфатазы – белки, которые жизненно важны для реакции клеток на окружающую их среду. Опубликованный сегодня в журнале Science Signaling, обзор взаимосвязей помогает даже в объяснении непредвиденных побочных эффектов препаратов.

Хотя всем известно общее предназначение микропинцета, иногда бывает сложно сказать, принадлежит ли определенная пара хирургу или же мастеру-ювелиру. Теперь, благодаря ученым Европейской лаборатории молекулярной биологии, стало легче разгадывать подобные ребусы в отношении вида белков, которые позволяют клеткам реагировать на окружающую их среду. Работа ученых, опубликованная сегодня в журнале Science Signaling, представляет собой ценный ресурс для других исследователей.

Клетки, находятся ли они в глазу, в который попал свет, в крови, борющейся с заболеванием, или где-либо еще в организме, должны реагировать на изменения в окружающей их среде. Однако, прежде всего, клетки должны «знать», что окружающая их среда изменилась. Одним из способов, делающих возможным передачу подобной информации в пределах клетки, являются маркеры, называемые фосфат-ионами, которые добавляются к определенным молекулам или удаляются из них в зависимости от конкретного сообщения, подлежащего передаче. Инструментом, который клетка использует для удаления фосфат-ионов, являются белки, называемые фосфатазами. Однако не всегда очевидно, на какие молекулы – или субстраты – воздействует определенная фосфатаза.

«Одной из наиболее серьезных трудностей в изучении фосфатаз является нахождение субстратов, и именно в этом служит подспорьем наша работа», – говорит Майя Кён, сотрудница отделения EMBL в Хейдельберге, Германия, и руководитель исследования. «Мы облегчили создание гипотез о взаимосвязях между фосфатазами и их субстратами». Ксюн Ли, докторант, исследователь как в лаборатории Кён так и в лаборатории Матиаса Вильманса, сотрудника отделения EMBL в Гамбурге, Германия, и Джанет Торнтон из Европейского института биоинформатики при EMBL в Хинкстоне, Великобритания, составили наиболее полную на сегодняшний день картину всех фосфатаз в клетках человеческого организма, а также их субстратов. Ученые сгруппировали фосфатазы по семействам, основываясь на их трехмерной структуре, которая может влиять на то, на какие молекулы воздействует фосфатаза.

Эта информация позволяет облегчить исследователям задачу идентификации известных субстратов фосфатазы, и выдвигать предположения о новых субстратах, основываясь на том, насколько она близка к другим фосфатазам. Обзор взаимосвязей помог даже объяснить непредвиденные побочные эффекты лекарственных препаратов, разработанных с целью вмешательства в деятельность фосфатаз или их добавляющих фосфат аналогов – киназ. Чтобы дать возможность другим ученым определять подобные взаимосвязи, Кён и ее коллеги и создали бесплатную онлайн базу данных – DEPOD.

«При получении учеными неожиданных результатов, база может стать ресурсом, позволяющим найти объяснения», – говорит Торнтон, руководитель Европейского института биоинформатики при EMBL. «DEPOD объединяет в себе огромное количество информации, которую можно рассматривать с разных сторон, что делает ее полезной не только для исследователей, занимающихся фосфатазами, но и для других специалистов».


Источник:
sciencedaily.com


Смотрите также:

MedZZZ.ru